Vacaciones no disfrutadas

Buenos días. Mi duda es que un trabajador que causo baja tenia tres dias de vacaciones sin disfrutar y yo le calcule el finiquito sin esos dias de vacaciones, este trabajador solicito el desempleo y en el inem le piden que en el certificado de empresa aparezcan esos días y esa base, yo se lo hice pero ahora no se que hacer si enviar los seguros sociales por esa ultima nomina que le calcule con la parte proporcional de vacaciones o la anterior que no las llevaba, porque yo solo tengo firmada la nómina sin vacaciones. Gracias
.